TwinBee es un matamarcianos de desplazamiento vertical en el que los jugadores controlan naves de aspecto caricaturesco a través de diferentes escenarios llenos de color. El primer jugador controla a TwinBee, mientras que un segundo jugador puede participar como WinBee en el modo cooperativo.

Los jugadores deben destruir a los enemigos aéreos con sus disparos normales y atacar los objetivos terrestres utilizando bombas. A lo largo de los escenarios aparecen nubes que contienen campanas. Al disparar contra ellas, las campanas cambian de color, permitiendo obtener diferentes potenciadores y bonificaciones según la campana recogida.

El juego permite cooperar entre dos jugadores y las dos naves pueden interactuar de diferentes formas durante la partida, incluyendo la posibilidad de combinar su potencia de fuego para realizar ataques más poderosos.